港島第九十九旅幼童軍A團於1971年由李普榮先生創立﹐當年只有十二名幼童軍加入。在這數十年來﹐由於參加幼童軍的人數日漸增加﹐故幼童軍B團及C團於其後相繼成立。 

1975年﹐吳文浩先生繼任為本團的第二任團長。直至1977年﹐伍伯林先生正式成為本團的第三任團長。他的任期長達15年之久。在這段期間﹐本團人數不斷增加﹐由當初的兩個小隊﹐發展到七個小隊。 

直至1992年﹐何興禮先生正式成為本團的第四任團長。在何先生的四年領導下，本團不斷的發展。他那努力不倦的態度和對童軍的熱誠﹐深深的感動了各領袖和團員。可惜，在1996年何先生得悉自己患上癌症，需要更多的時間休息，故辭去團長一職。但是﹐他仍堅持留任副團長，繼續為我們服務。1998年10月﹐何先生最終敵不過病魔，與世長辭。儘管如此，他對童軍的貢獻﹐如歷屆的團長一樣為我們的日後的發展打下了一個穩固的根基。 

吳展勝先生亦於1996年年尾繼任成為本團的第五任團長，他的任期超過15年，是歷任來擔任團長一職最長久之一人。吳先生在任期間先後帶領成員奪得多項比賽冠軍，當中包括兩屆(1999年及2011年)香港童軍總會總監挑戰盾(總決賽)-冠軍、三屆(2003年、2007年及2009年)香港童軍總會總監挑戰盾(總決賽)-亞軍等; 優異旅團計劃自1998年開始，本團從無間斷獲獎，有此佳績，除了成員努力的付出，亦有賴領袖背後的付出。 

朱凱珮小姐於2012年年尾繼任成為本團的第六任團長。朱小姐服務本團超過15年，她在任期間為本團建立完善行政系統、至力培育新晉領袖，亦協助前團長吳先生帶領成員奪得多項比賽獎項，為本團打下了一個穩固的根基。

謝詠妍小姐於2015年年尾繼任成為本團的第七任團長。除延續前人奠立的優良傳統外﹐更在新冠疫症期間帶領本團進行網上團集會﹐使本團仍能在病毒肆虐期間有效的運作﹐更令本團走進實體和數碼化相互結合的新時代﹐實為功不可沒。 

踏入2021年，正值本團踏入50週年之際﹐鍾嘉宏先生接棒出任團長一職﹐為本團的第八任團長。